La microscopie photonique classique présente une résolution (capacité à distinguer deux objets ponctuels) de 250 nm environ. Pour imager des objets de plus petites taille, deux solutions s'offrent à l'utilisateur :

• les techniques d'imagerie photoniques dites super-résolues, 
• la microscopie électronique.

• Microscopie photonique super-résolue

 Le développement de technique d'imagerie dites "super-résolues"  permet de dépasser la limite de résolution de 250 nm causée par le phénomène de diffraction, rendant possible la visualisation d’objets de l’ordre de quelques dizaines de nanomètres. L’ approche de super-résolution  proposée sur la plateforme DImaCell en photonique est celle de la microscopie de localisation. Elle repose sur le principe de la détection d’une molécule unique et de la localisation du centre de sa tache de diffraction. L’accumulation des acquisitions permet alors la reconstitution d’une image super-résolue. Le PALM (PhotoActivated Localization Microscopy), et le STORM (STochastic Optical Reconstruction Microscopy) sont deux techniques de reconstruction d’image par pointillisme similaires, l'une utilisant des mutants génétiques exprimant des  protéines photoactivables ou photoconvertibles (mEOS, PA-GFP, Dendra2,PA-RFP, PA-mCherry...), l'autre des molécules exogènes ayant la propriété de clignoter (Alexa 647, Cy5, Alex 488...), couplées à un ligand.

Equipement  associé : Microscope super-résolu PAL/STORM

• Microscopie électronique

Un microscope électronique est un type de microscope qui utilise un faisceau d'électrons pour illuminer un échantillon, au lieu d'utiliser des photons.  Ces microscopes ont un pouvoir de résolution supérieur aux microscopes optiques , jusqu'au nanomètre. Une préparation spécifique de l'échantillon est souvent nécessaire.

Equipements  associés : Microscope Electronique à Transmission (MET), Microscope Electronique à Balayage (MEB).