Les échantillons épais en microscopie
Le contraste et la résolution de la microscopie de fluorescence conventionnelle (microscopie grand champ) - se dégradent fortement pour des échantillons épais (à partir de quelques dizaines de micromètres) et/ou diffusants, en raison de la fluorescence émise hors du plan focal.
Exemples d'échantillons épais : tissus (végétaux ou animaux), petit animal (zebrafish), emballages, biofilms bactériens, émulsions alimentaires ...
Exemples d'échantillons peu épais : monocouche cellulaire, bactéries, levures ...
Pour s’affranchir de ce problème, il existe différentes approches pour observer vos échantillons épais et/ou opaques :
- Sectionnement optique (microscopies à balayage) : microscopie confocale et microscopie multiphotonique (ces techniques permettent d'effectuer des reconstruction 3D)
- Traitement des images : déconvolution
- Traitement de l'échantillon :
- découpe en couches minces
- techniques de clarification
Equipements et techniques associés : microscope confocal, microscope multiphoton, microdissection laser, techniques de préparations d'échantillon ...
Exemples de réalisation sur échantillons épais et/ou opaque

Aspergillus, champignon filamenteux vu en microscopie grand champ (gris) et confocale (bleu)

Cellules de liège dans un bouchon de Champagne

Larve de poisson zèbre en microscopie biphotonique

Trichome, reconstruction 3D
