Les échantillons épais en microscopie
Le contraste et la résolution de la microscopie de fluorescence conventionnelle (microscopie grand champ) - se dégradent fortement pour des échantillons épais (à partir de quelques dizaines de micromètres) et/ou diffusants, en raison de la fluorescence émise hors du plan focal.
Exemples d'échantillons épais : tissus (végétaux ou animaux), petit animal (zebrafish), emballages, biofilms bactériens, émulsions alimentaires ...
Exemples d'échantillons peu épais : monocouche cellulaire, bactéries, levures ...
Pour s’affranchir de ce problème, il existe différentes approches pour observer vos échantillons épais et/ou opaques :
- Sectionnement optique (microscopies à balayage) : microscopie confocale et microscopie multiphotonique (ces techniques permettent d'effectuer des reconstruction 3D)
- Traitement des images : déconvolution
- Traitement de l'échantillon :
- découpe en couches minces
- techniques de clarification
Equipements et techniques associés : microscope confocal, microscope multiphoton, microdissection laser, techniques de préparations d'échantillon ...
Exemples de réalisation sur échantillons épais et/ou opaque
![](/fileadmin/_processed_/0/3/csm_2018-CDC-CFP-2_Herve_Begue_24bc93a663.png)
Aspergillus, champignon filamenteux vu en microscopie grand champ (gris) et confocale (bleu)
![](/fileadmin/_processed_/5/a/csm_Aspergillus_excit405nm_6bd9d919d5.jpg)
Cellules de liège dans un bouchon de Champagne
![](/fileadmin/_processed_/e/f/csm_Liege_radial_3D_603db927a8.jpg)
Larve de poisson zèbre en microscopie biphotonique
![](/fileadmin/_processed_/1/3/csm_mosaique_zebrafish-3_9534ba4dcd.png)
Trichome, reconstruction 3D
![](/fileadmin/_processed_/0/b/csm_Volume_Snapshot_trichome_5079ec0c61.jpg)