Le contraste et la résolution de la microscopie de fluorescence conventionnelle  (microscopie grand  champ) - se dégradent fortement pour des échantillons épais (à partir de quelques dizaines de micromètres) et/ou diffusants, en raison  de la fluorescence émise hors du plan focal.

Exemples d'échantillons épais : tissus (végétaux ou animaux), petit animal (zebrafish), emballages, biofilms bactériens, émulsions alimentaires ...
Exemples d'échantillons peu épais : monocouche cellulaire, bactéries, levures ...

Pour s’affranchir de ce problème, il existe différentes approches pour observer vos échantillons épais et/ou opaques :

• Sectionnement optique (microscopies à balayage) : microscopie confocale  et  microscopie multiphotonique (ces techniques permettent d'effectuer des reconstruction 3D)
• Traitement des images :  déconvolution
• Traitement de l'échantillon :
  • découpe en couches minces
  • techniques de clarification

Equipements et techniques associés : microscope confocal, microscope multiphoton, microdissection laser, techniques de préparations d'échantillon ...