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Stage M1 - Imagerie super-résolue
Posté le 9-10-2017

Proposition de stage M1 (2017-2018) - Mise au point de protocoles d’observation de micro-organismes d’intérêt alimentaire en microscopie super-résolue PALM/STORM.

 

 

Descriptif du stage

Le stage aura lieu en collaboration entre la plateforme DImaCell et l’équipe PMB (Procédés Microbiologiques et Biotechnologiques) de l’UMR PAM. La plateforme DImacell vient de s'équiper d'un microscope PALM/STORM pour l’imagerie de fluorescence super-résolue (résolution 40 nm). Les travaux de l'UMR PAM relèvent à la fois du génie des procédés et de la biologie cellulaire et moléculaire. Les thématiques de recherche visent à détruire les microorganismes pathogènes ou indésirables et/ou à préserver les microorganismes d’intérêt pour l’agro-alimentaire. Nous nous intéressons particulièrement à la compréhension des mécanismes de réponse cellulaire à différents types de perturbations environnementales (pression, température, pression osmotique, pH...) qui interviennent dans de nombreux procédés alimentaires.

Nous proposons un stage de M1 pour mettre au point et optimiser des protocoles d’observation de différents micro-organismes (bactéries, levures…) par microscopie super-résolue STORM (marquage exogène) ou PALM (marquage endogène/ protéines de fusion photo-activables), selon l’avancement du projet au démarrage du stage.

Profil recherché :

L’étudiant(e)  recruté(e) devra être fortement motivé(e) par l'acquisition de connaissances et compétences pratiques en microscopie de fluorescence.

Il/elle pourra développer ses compétences en microbiologie ainsi qu’en microscopie super-résolue de type PALM/STORM.

Contact : Pascale Winckler (IR - plateforme DImaCell site Imagerie Spectroscopique)

pascale.winckler@agrosupdijon.fr

 

 

Stage M1 - Imagerie FLIM
Posté le 7-07-2017

Mesures locales de température en imagerie de durée de vie de fluorescence (FLIM)
 
 
 
 
Le stage consistera à mettre au point une méthode de mesure locale de température par mesure de durée de vie de fluorescence. Cette méthode sera ensuite appliquée à la mesure du stress thermique subit par des levures imagées en microscopie en deux photons.
 
Le temps de vie de fluorescence est le temps moyen que passe un fluorophore dans son état d'excitation avant de retourner dans son état fondamental. Il s'agit d'un paramètre qui peut mettre en évidence des différences dans l'environnement proche de la molécule fluorescente observée (concentration d'ion, pH, température ou interactions avec d'autres molécules...).
 
Le site Imagerie Spectroscopique de la plateforme DImaCell est équipé d'un spectrophotomètre ainsi que de deux microscopes (confocal et biphoton) permettant la mesures de durée de vie globale (en cuvette) ou locales (imagerie FLIM).
 
L'étudiant(e) sera formé(e) en spectroscopie de fluorescence, en microscopie de fluorescence à balayage et sur la technique FLIM (Fluorescence Lifetime Imaging Microscopy).
Il/elle sera formé(e) à la culture de levures.
 
 
Profil recherché : étudiant(e) ayant des bases en optique photonique et un intérêt pour les applications en biologie. 
Il/elle devra être fortement motivé(e) par l'acquisition de connaissances et compétences pratiques en microscopie et spectroscopie de fluorescence.
 
Contact :  
Pascale Winckler (IR - plateforme DImaCell site Imagerie Spectroscopique)
pascale.winckler@agrosupdijon.fr